近日,我校动科学院党瑞华课题组联合青岛农业大学孙玉江团队和博瑞迪生物技术有限公司成功研发出了国际首款家驴40K液相芯片“家驴一号”。这是国际上首款家驴基因检测和品种选育产品。
该芯片的设计基于党瑞华和孙玉江博士团队长期积累的国内外驴种性状测定和全基因组数据,结合博瑞迪GBTS技术体系中的GenoBaits®技术,创制出的具有国内完全自主知识产权的“中国芯”。“家驴一号”产品的发布为中国家驴种源鉴别、资源保护、血统鉴定、亲子鉴定、分子标记辅助育种和全基因组选择育种提供了高效、低价的应用工具。
驴产业在我国特色畜牧产业中占有重要地位,也是我国在全球范围内最具优势的畜牧产业之一。当前制约驴产业发展的关键问题是缺乏专门化的皮、肉、奶品种,通过常规技术较难快速改变该育种现状,需要借助分子标记辅助或全基因组选择的方法开展前沿育种技术研究,加快品种选育、助力优势品种培育。
芯片设计基于中国家驴16个品种165头、国外驴品种82头及野驴7头的全基因组测序数据,包含品种多,筛选获得共45894个SNP位点,适用性广。芯片SNP标记均匀分布在全基因组范围,能在低成本的基础上,有效地捕获因果突变及连锁单倍型。在早期选育阶段,可利用先验GWAS结果,提高基因组选育工作的进展,制定合理的选配策略。另外,芯片密度可以灵活调整,随时补充位点。SNP检出率是衡量芯片质量的重要指标,一般用常染色体和X染色体的位点进行衡量。经样本测试,驴40K液相芯片的SNP平均检出率为98.5%~99.1%,均超出95%的标准检出率,驴40K液相芯片的基因型检测质量良好。
编辑:张晴
终审:徐海